Planuje się, że projekt RIP obejmie kilka różnych metodologii badawczych w celu zbadania sekularyzacji. Z jednej strony wykorzystane zostaną techniki modelowania komputerowego. Z drugiej strony zastosowanie znajdzie szereg metod empirycznych (w tym eksperymentalnych) z różnych dyscyplin. Obie działają na zasadzie sprzężenia zwrotnego z rozważaniami teoretycznymi, które również muszą być uwzględnione, aby projekt odniósł sukces.

Modelowanie komputerowe obejmie zarówno modele dynamiki systemów, jak i modele agentowe. Dynamika systemów zostanie wykorzystana do stworzenia modeli jednostek, odzwierciedlających aspekty ludzkich systemów poznawczych, które uważa się za istotne dla badanego aspektu sekularyzacji. Skonstruowani w ten sposób agenci zostaną następnie połączeni w agentowe modele społeczeństw. Interakcje między tysiącami agentów w tych modelach pozwolą prześledzić, jak połączone są procesy psychologiczne i społeczne. Powtarzanie symulacji tysiące razy umożliwia zbudowanie probabilistycznego obrazu prawdopodobnych wyników warunków początkowych. Daje to podejściu bezprecedensową siłę predykcyjną, a także możliwość wglądu w to zjawisko, umożliwiając śledzenie, jak zmiana warunków początkowych wpływa na wyniki.

Konstrukcja modeli opiera się na dokładnych informacjach o modelowanych systemach. Po części informacje te pochodzą z istniejących badań socjologicznych, psychologicznych i poznawczych. Jednak badania te nie muszą odzwierciedlać teoretycznych założeń planowanych modeli ani odpowiednio mierzyć odpowiadających im zmiennych. Z tego powodu projekt obejmuje również: nowe analizy istniejących ilościowych danych socjologicznych; nowatorskie badania reprezentatywnych prób populacji; oraz szereg badań eksperymentalnych wykorzystujących specjalnie skonstruowane metody i mających na celu zbadanie i modyfikację aspektów teoretycznych założeń leżących u podstaw proponowanych modeli poznawczych i psychologicznych.

Teoretyczne aspekty projektu w dużej mierze opierają się na pracach Kierownika Projektu – prof. Konrada Talmont-Kamińskiego (zwłaszcza modelu teoretycznym przedstawionym w Religion as a Magical Ideology), a także pracy szerszej społeczności badaczy zajmujących się sekularyzacją w ostatnich kilku dekadach, szczególnie osoby zajmujące się ilościową socjologią religii i kognitywistyką religii. Jako takie, aspekty teoretyczne mają na celu wyciągnięcie implikacji idei, że religie łączą cechy ideologii – systemów przekonań, które działają w celu motywowania zaściankowej prospołeczności – z magicznymi systemami przekonań i praktyk, które opierają się na uprzedzeniach poznawczych wspólnych dla wszystkich ludzi; uzasadnieniem dla połączenia tych aspektów jest sposób, w jaki religie wykorzystują i modyfikują naturalne rozumowanie ludzi.